El 27 de octubre de 2020, Horacio Chauque Perales fue imputado por los delitos de abuso sexual gravemente ultrajante por las circunstancias de su realización y duración, agravado por ser ministro de culto católico, en perjuicio de un joven que concurría a una vicaría en Villa Los Sauces; y abuso sexual gravemente ultrajante por las circunstancias de su realización y duración agravado por ser ministro del culto católico y abuso sexual con acceso carnal agravado por ser ministro de culto católico, en perjuicio de otro joven que concurría a la parroquia Nuestra Señor del Tránsito.
Las actuaciones del fiscal penal Rodrigo González Miralpeix, iniciaron con una primera denuncia, radicada en setiembre de 2019 por un joven de 18 años, quien relató que conoció al sacerdote cuando tenía 13, en la Vicaría Cristo Rey de Villa Los Sauces. Sostuvo que el acusado se ganó su confianza y la de su familia, y que en 2014 comenzó a someterlo a tocamientos, que se repitieron en el tiempo, hasta que fue destinado a otra parroquia. Añade que luego intentó contactarlo telefónicamente y por redes sociales.
En noviembre de ese mismo año, otro joven, de 21 años, denunció al religioso, a quien conoció en 2016, cuando fue destinado a la parroquia Nuestra Señora del Tránsito. Relató que tras entablar un vínculo de confianza con él, comenzó a someterlo a tocamientos y a un trato inadecuado. También denunció que en 2017, luego de una conversación incómoda, Chauque Perales lo sometió sexualmente. Al igual que sostuvo el primer denunciante, indicó que tras los abusos, el acusado trató de mantenerse en contacto.
Tras conocer la acusación en su contra, Chauque Perales se abstuvo de declarar. El fiscal requirió al Juzgado de Garantías interviniente la prisión preventiva del acusado.
